Музыкальный театр в Иркутске появился гораздо позже, чем драматический. В 1940 году в областной центр приехал на гастроли Горьковский театр музкомедии. Его труппа так понравилась иркутянам, что в марте 1941 года было принято решение стационировать его здесь.
После того, как началась Великая Отечественная война, актеры театра почти каждый день выступали с концертами в воинских частях и госпиталях. К труппе музтеатра подключились артисты Киевского академического театра оперы и балета, эвакуированного в Иркутск, а также другие творческие люди из Москвы и разных городов страны, которые были вывезены в столицу Восточной Сибири.
В 1958 году директором театра стал заслуженный артист РСФСР Николай Загурский, который потом получил звание народного артиста РСФСР. Николай Матвеевич вложил в развитие театра музкомедии столько сил и энергии, что именно его имя и было присвоено театру в 2001 году.
В 1990 году театр получил статус музыкального и переехал в нынешнее здание. Его задумали построить еще в 1983 году после того, как театр побывал с гастролями на родине – в городе Горький. Однако Иркутску потребовалось 7 лет, чтобы театр музкомедии обрел достойный дом. Многие архитекторы тогда считали, что выбранное место на улице Седова – крайне неудачно для постройки театра. Для его возведения пришлось снести несколько десятков старинных домов, которые представляли большую историческую и художественную ценность.
Архитекторами стали Н.Стужин, А.Кудрявцев и Д.Лурье. Над дизайном интерьера работали лучшие специалисты Иркутска. Автор уникальных люстр в зрительном зале, фойе, вестибюле – народный художник России Б.Бычков. Вазы из байкальского камня – работа художника А.Лодянова. Резные двери вестибюля и зрительного зала – художника В.Огиенко. Декоративное панно из бересты – художника Е.Ушакова.
Однако иркутяне не сразу оценили театр в стиле «модерн». Да и в панораму города здание не слишком вписалось. Его называли и крематорием, и бомбоубежищем, кто-то называл его «гроб». Позже жители привыкли, и сейчас уже форма ни у кого не вызывает вопросов.
5 января 1990 году Иркутский областной музыкальный театр имени Загурского впервые принял в новом здании зрителей. В тот день состоялась премьера оперы Ж.Бизе «Кармен».